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Xi将不会表现其大多数的基因，原因在于Xi成为了受抑制的异染色质，其外围被包覆起来以防止大部分基因的表现，这种过程称为沉默作用（silencing）。包复成异染色质的染色体Xi，比起如Xa般的真染色质具有较高的浓缩程度。失活的X染色体会在细胞核内形成一种构造上不连续的巴尔氏体。这些构造主要分布于细胞核的边缘地带，在细胞周期中将会较晚进行复制。

与Xa相较之下，Xi受到了高度DNA甲基化与组蛋白H3离氨酸-9甲基化；以及低度的组蛋白乙醯化（histone acetylation）与H3离氨酸-4甲基化。这些作用皆与基因沉默作用有关。此外，有一种称为macroH2A的变形组蛋白只会出现在Xi中的核小体，而不会在一般的染色体上。

即使遭受去活化的作用，Xi上除了Xist基因以外，还是有一些其他基因可以表现。这些维持作用的基因通常是以丛集方式存在，在老鼠体内只占有少量，在人类体内则占有约25%。许多得以在Xi上表现的基因，皆是一些同样表现于Y染色体的基因。这些可表现的区域称作假体染色体区（pseudoautosomal region），其中含有的基因不论是在哪一个性别，皆与体染色体一样两两成对，而不是像一般性染色体基因一样单独存在。

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