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与推测的鸟臀目祖先状态相比,拉金塔龙标本骨骼微结构的组织学研究显示其生长速度的第二次降低类似其它小型装甲类如小盾龙,但不同于莱索托龙、鸟脚类和头饰龙类。然而,由于缺乏原始鸟臀类组织学数据以及拉金塔龙标本有限,这些结论仍不确定。
拉金塔龙系统发育关系的细节仍有些不确定。系统发育分析及一般解剖学研究有力地表明它是鸟臀目一个非常基础的成员。2014年原始描述未能确定它在该演化支中的确切位置,该描述发现其处在一个包含始奔龙、莱索托龙、斯托姆博格龙、小盾龙、装甲类演化支及新鸟臀类演化支的大型polytony中。部分后期系统发育分析因其化石过于零碎、降低了结果的准确性,而不得不彻底删除该分类单元。一些研究如马修·巴伦(Matthew G. Baron)和同事或托马斯·拉文(Thomas J. Raven)和Susannah Maidment(Susannah Maidment)2017年的分析,皆发现它是装甲类一个非常早期的成员并作为小盾龙的姐妹群。类似小盾龙但不同于莱索托龙的骨组织学被认为是这种位置的间接证据。狄多涅(P. E. Dieudonné)和同事2021年的鸟臀目系统发育分析发现拉金塔龙并非一种装甲类,而是处于颌齿类演化支以外一个更原始的位置。巴伦等人(2017年)的分支图如左下图所示,狄多涅等人(2021年)的分支图如右下图所示。根据丹尼尔·马齐亚(Daniel Madzia)及其同事2021发表的一篇论文中的定义,为清晰起见加入了演化支名称。
拉金塔龙来自南美洲北部的拉金塔组,该地层横贯如今的哥伦比亚和委内瑞拉,而拉金塔龙发现于其委内瑞拉部分。拉金塔组的确切地质年龄传统上是非常不清楚的,从二叠纪至白垩纪的任何区域皆有不同估计,但现代估计往往发现包含拉金塔龙尸骨层的部分年龄非常接近三叠纪和侏罗纪边界,特别是在大约2亿年前的赫唐阶开始时,可能距离三叠纪末只有15万年,尽管仍存在一些不确定性。非常古老的生存年代使拉金塔龙成为已知的最早的鸟臀目成员之一,对了解该类群的早期进化很重要。拉金塔龙提供了具体证据证明它们在侏罗纪之初就已扩散到北半球,并且其在赤道地区的地理位置表明了恐龙在赤道纬度上的存在,以及该地区在恐龙早期进化中的作用――这在传统上是受到怀疑的。尽管该属在三叠纪末大灭绝后不久的出现表明鸟臀类在多样性和分布上迅速扩张,但其原始解剖结构表明体型和解剖结构特化的增加直到侏罗纪晚期才出现。
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