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铆钉菇科过去与其他伞菌一起被归入伞菌目中，但孢子形状等许多显微特征都显示其与牛肝菌目有关，分子种系发生学的研究结果证实了此项理论，发现铆钉菇科应归属牛肝菌目，而本科的蕈褶是趋同演化的结果，与伞菌目类群的蕈褶无关。分子证据显示在牛肝菌目中，本科与乳牛肝菌科、须腹菌科与Truncocolumellacae等类群的亲缘关系较为接近，与Chemotaxonomy的研究结果吻合。有研究将本科与这三科共同归属于乳牛肝菌亚目（Suillineae）。

2003年，一篇分子种系发生学研究分析本科类群的亲缘关系，结果显示本科可分为色钉菇属与铆钉菇属两大类群，不过分布于俄罗斯西伯利亚东部的G. borealis可能是本科最基部的类群，在演化树上分支时间比色钉菇属和铆钉菇属两大类群分支的时间还早。

铆钉菇科大致可分为色钉菇属与铆钉菇属两大类群，皆与松科树木形成Ectomycorrhiza，其中前者多与松属植物，后者多与云杉属、落叶松属、黄杉属或Abietoideae等松科其他类群的植物共生，可能分别与植物发生共演化。本科物种与树木形成的外菌根传统上被认为是互利共生，但有研究发现本科蕈类的子实体经常与其他种蕈类一起出现，本身很少形成复杂的菌丝体，在植物根部皮层细胞中形成吸器，无法独立于其他物种进行分离培养等特征，显示本科蕈类的营养方式，可能是寄生于外菌根上的其他真菌或植物。

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